הרפואה היהודית, על יסודותיה הרוחניים והפיזיים, מציעה יריעה רחבה של עקרונות רפואיים העומדים מעבר למבחן הזמן והמקום, והיא היא אבן יסוד אוניברסאלית ברפואת האדם. ככזו, אימצה אותה מכללת "שֶלֶם" כפילוסופיה טיפולית מרכזית, ואותה היא מנחילה לתלמידיה בלימודי רפואה משלימה.
הרפואה היהודית, כידוע, היא אחת משיטות הריפוי העתיקות ביותר בעולם, והיא טומנת בחובה מאגר מידע עצום המהווה חלק מתורת סוד שנכתבה על ידי אדם הראשון, התגלגלה לידי אבותינו ונגנזה לימים על ידי המלך חזקיהו. זוהי למעשה רפואה הוליסטית, שכן היא מבוססת על עיקרון הטיפול ה"שלם" - בגוף ובנפש גם יחד ובשילוב בין טיפולים רוחניים ופיזיולוגיים.
בהיבט הרוחני, מבוססת הרפואה היהודית על הראייה הקבלית, המתייחסת לשש רמות של ריפוי (גוף, נפש, רוח, נשמה, חיה, יחידה) ורואה בגוף הפיזי את משכנם של הנשמה ושל אבריה הרוחניים-אנרגטיים. לפי תפיסה זו, מחלה נגרמת בשל הפרת האיזון בין הגוף והנפש, ואילו בריאות וחוסן נפשי מושגים באמצעות יצירת איזון בין הנדבכים השונים. במטרה להביא ליחסים מאוזנים ולשלמות בין סביבתו הפנימית של האדם לבין גופו וסביבתו החיצונית, מציעה הרפואה היהודית לאורך ההיסטוריה כלים טיפוליים המשלבים תזונה, צמחי מרפא וטיפולים רוחניים ייחודיים.
לעיקרון ההוליסטי קיימות עדויות רבות במקרא, שבו אנו מוצאים הנחיות רפואיות הכוללות טיפולים גופניים בצד פעולות רוחניות ייחודיות למטרות ריפוי (כגון תפילה או תיקון נפש.( עקרון יסוד זה הוא העומד מאוחר יותר גם בתורתו של רמב"ם, אשר דיבר על התלות בין הגוף והנפש בתהליך התהוות המחלה ובתהליך הריפוי. הרמב"ם התייחס לדוגמה, לפיקוח על הרגלים כגון פעילות גופנית, שמירה על היגיינה ותזונה נכונה בצד טיפול בצמחי מרפא ועבודה רוחנית (עבודת המידות) לשם השגת ריפוי שלם לגוף ולנפש.
מכללת "שלם" היא המכללה הראשונה בישראל אשר הניפה את דגל הרפואה הטבעית ההוליסטית על פי אבני היסוד של הרפואה היהודית העתיקה ועקרונות הקבלה וכך היא מיישמת בלימודי הרפואה המשלימה. יחודה של "שלם" הוא בשילוב יוצא דופן שהיא מציעה לתלמידיה בין עקרונות רוחניים יהודיים לבין שיטות טיפול הוליסטיות מהמזרח הרחוק ולימודי רפואה מערבית עדכנית כבסיס לטיפול רפואי אינטגרטיבי.
